Con un año de Filosofía y con buenos resultados académicos Juan Carlos Rotaeche decide introducirse en el mundo de la piedra. Empieza en la Escuela Taller de Laredo con 18 años como alumno, para después pasar a trabajar con distintos maestros canteros de la zona de los que fue adquiriendo distintos conocimientos del oficio y muchos pequeños secretos de la cantería, que tan solo conocen aquellos canteros de antaño celosos de su oficio.
Más tarde en 1991 y tan solo con 21 años, tras una selección de canteros es elegido para dirigir el taller de cantería de la Escuela Taller de Santander durante 3 años. Se llevan a cabo durante este tiempo la restauración del Panteón del Inglés, la Ermita de la Virgen del Mar, la restauración de la Rosa de los Vientos en Piquío, etc. Durante el transcurso de estos años coincide con el maestro cantero y escultor D. Enrique Somavilla del que aprenderá grandes técnicas y conocimientos sobre la escultura directa en piedra.
En 1994 presenta su primera exposición de piedra tallada « en la sala de exposiciones de la Caja Cantabria de Ramales de la Victoria, más tarde, en abril de 1995 será la sala de la Kultur Etxea de Karranza quien acogerá sus obras.
En 1995 participa en la rehabilitación del Coso Taurino de Rasines, realizando distintas intervenciones, entre ellas el de una cabeza de Toro tallada sobre la clave de un gran arco de medio punto que da acceso al Coso. También cabe destacar su colaboración en la restauración de la iglesia de Santa María de Ampuero, rehabilitación de la iglesia parroquial de Cereceda, ermita de Socueva, etc.
Tras varios años de trabajos para diversas empresas y a la dedicación de la talla y escultura en su pequeño taller, se hará cargo en 1996 del taller de cantería de la Escuela Taller “Amigos del Soto”, dirigida por Alfredo Shallcrass, durante cuatro años.
Durante este tiempo se dedicara a la rehabilitación del convento de Nuestra Señora del Soto, en Soto-Iruz, una tarea de gran importancia ya que el inmueble se encontraba en un gran estado de abandono y deterioro.
En 1998 participa en el certamen Regional Juvenil de Artes Plásticas Pancho Cossío en la categoría B (19 a 30 años), consiguiendo el 3º premio en el apartado de escultura con la obra “ Fuera de Orbita”. También cabe destacar de manera significativa su paso por la Escuela del Mármol de Macael en Fines (Almería), donde adquirió importantes conocimientos sobre la elaboración y transformación de distintos tipos de mármoles, tanto nacionales como de importación.
Durante el 2000 interviene en los trabajos de cantería de acceso a la Neocueva de Santillana del Mar.
A partir del 2001 se instala en el Valle de Soba, como autónomo, concretamente en el pueblo de Astrana lugar en el que hace su taller artesano, en el cual realizara obras y encargos de todo tipo, para particulares, iglesias, ayuntamientos, etc. También durante este tiempo realiza numerosas restauraciones de la arquitectura popular sobana así como construcciones de nueva obra.